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从南开大学官网获悉，2016年南开大学自主招生计划数不超过2016年本科招生计划总数的5%，即不超过180人，拟认定合格人数不超过自主招生计划的1.5倍。
| 专业门类 | 具体专业 | 拟认定合格人数 |
| 数学类 | 数学类 | 不多于35 |
| 物理学类 | 物理学类 | 不多于50 |
| 化学类 | 化学类 | 不多于35 |
| 生物环境类 | 生物科学类、环境科学、环境工程、资源循环科学与工程、药学 | 不多于20 |
| 医学类 | 临床医学、口腔医学 | 不多于20 |
| 信息技术类 | 电子信息类、光电信息科学与工程、计算机类、自动化类、信息安全、软件工程 | 不多于15 |
| 人文科学类 | 汉语言文学、编辑出版学、广播电视学、历史学类、文物与博物馆学、哲学类 | 不多于35 |
| 社会科学类 | 政治学类、社会学类、应用心理学、法学、经济学类、工商管理类 | 不多于20 |
| 外国语言文学类 | 日语、法语、德语、俄语、西班牙语 | 不多于40 |